Yksi New Nintendo 3DS:n ensimmäisistä peleistä tulee todennäköisesti olemaan Xenoblade Chronicles. Sen kerrotaan hyödyntävän uuden käsikonsolin ylimääräisiä tehoja, joten peli ei pyöri vanhalla 3DS:llä. Tämä on aiheuttanut hieman huolta siitä, miten nämä ainoastaan uudella käsikonsolilla toimivat pelit oikein erottaa Nintendo 3DS:n normaaleista nimekkeistä.
Nintendon vastaus tähän on uudenlainen pelikotelo, jossa asia pyritään ilmaisemaan mahdollisimman selkeästi. Xenoblade Chroniclesin yhdysvaltalaisen version etukannessa on suuri teksti "Only for New Nintendo 3DS". Tosin asiaa ei auta se, että logo on hämmentävän samannäköinen normaalin 3DS:n logon kanssa.