Pixeljunk Shooter 2:n rakenne muistuttaa uudemman polven Mario-pelejä. Ajoittain haarautuville raiteille mahtuu useampi kenttä, joista on määrä kerätä riittävästi timantteja. Tämän jälkeen pääsee taistelemaan suurikokoista pomovihollista vastaan, jonka voittaminen avaa tietä eteenpäin. Pelillisesti Pixeljunk Shooter 2 eroaa massasta siinä, miten se hyödyntää nesteen käyttäytymistä pulmanratkaisuun. Melkein koko peli rakentuu haasteille, joiden tarkoituksena on liikutella erilaisia nesteitä paikasta toiseen. Esimerkiksi laavaa muistuttavaa kuumaa nestettä jäähdytetään kaatamalla vettä päälle. Aineen kovettuessa sen voi ampua rikki ja näin kentässä pääsee etenemään. Pelaajaa uhkaavia vihollisia on lopulta melko vähän. Suurin osa vaikeustasosta tulee siitä, miten pystyä liikkumaan läpi ympäristön asettamien vaarojen, kuten soluliman ja mahahapposuihkun.
Graafisesti jatko-osa on identtinen alkuperäisen pelin kanssa. Kaikki toimii ja on persoonallisen näköistä, mutta väkisinkin tulee sellainen olo, että nyt on menty aidan matalimmasta kohdasta. Äärimmäisen yksinkertainen grafiikka jää ainakin mieleen, mutta itse pidin ulkoasua jopa häiritsevän minimalistisena. Musiikki on niin ikään kummallista, mutta persoonallista. Lyhyesti sanottuna juuri sellaista, jota voisi odottaa kuulevansa suuren hirviön vatsassa uidessaan.
Alkuperäinen peli antoi mahdollisuuden jaetun ruudun yhteispeliin, ja sama ominaisuus on mukana myös jatko-osassa. Varsinainen uutuus on kuitenkin kilpailullinen verkkopeli PlayStation Networkin välityksellä. Moderniin malliin otteluista saa kokemuspisteitä, joilla pääsee ostamaan pelaamista helpottavia päivityksiä omaan alukseen. Varsinaiset matsit ovat kahden pelaajan mittelöitä. Toinen koettaa kuljettaa eloonjääneitä turva-alueelle ja kilpaileva alus haluaa tietenkin estää moiset aikeet. Kohtaamiset ovat varsin nopeita, joten epätasaisessa ottelussa ei tarvitse kauaa kärvistellä.
Pixeljunk Shooter 2 on juurilleen erittäin uskollinen jatko-osa. Ehkä hieman liiaksikin, sillä uudistuksia ei nettipelin lisäksi kauheasti ole. Kaikki kuitenkin toimii yhtä hyvin kuin aiemminkin. Jos siis alkuperäinen Pixeljunk Shooter jäi kokematta, voi jatko-osan latausta suositella.