Wii U -konsoli tukee kahta kosketusnäytöllistä Gamepad-ohjainta samanaikaisesti. Nintendo vahvisti asian E3-konferenssissaan murskaten samalla aiemmat huhut siitä, että kahden Gamepadin käyttö olisi teknisesti mahdotonta.
Gamepadin ohella Wii U:hun voi kytkeä useita perinteisiä ohjaimia, mikä Nintendon mukaan avaa tuoreita moninpelimahdollisuuksia, kun pelaajilla on erilaiset ohjaimet käytössään.