Nintendo on paljastanut, että Wii U:n Basic-mallissa ei ole todellista tallennustilaa paketin lupaamaa kahdeksaa gigatavua. Tarvittavien firmware-päivitysten ja profiilitietojen jälkeen käyttäjälle jää vain noin kolme gigatavua pelien tallennukseen ja verkkosisällön lataamiseen.
Basic on kahdesta Wii U -versiosta edullisempi, ja sitä myydään valkoisessa kuosissa. Musta Premium-konsoli sisältää 32 gigatavun muistin, josta käyttäjälle jää 25 gigatavua käytettäväksi.
Muistipulaa lievittää se, että Wii U tukee USB-kiintolevyjä ja SD-muistikortteja. Konsoliin voi liittää jopa kahden teratavun kiintolevyn, joskin sillä täytyy olla oma virtalähde.