Eidos on julkistaneensa töiden alkaneen Deus Ex 3:n parissa. Vuonna 2000 julkaistun toimintaroolipelin toista jatko-osaa työstää Eidoksen helmikuussa perustama Montrealin studio. Kehitystyö ei voisi olla paljoa enempää alkutekijöissään, sillä julkaisija hyväksyi vasta pelin ideat ja tuotantopäätös on uunituore. Siksi pelin odotetaan saapuvan vasta jouluksi 2009. Alkuperäisen pelin ykkösmies, Warren Spector, ei ole mukana projektissa.