Hideo Kojima varoittaa pelaajia siitä, että johtuen Metal Gear Solid -sarjan monimutkaisista juonikuvioista, voi The Phantom Pain rikkoa MGS-kaanonia.
Kojima kertoi haastattelussa tulkkinsa välityksellä, että myös Star Warsin tekijöillä on varmasti tällaisia ongelmia. Hänen mukaansa syntyy aina jonkinlaisia epäjohdonmukaisuuksia, kun kirjoitetaan jonnekin tarinan keskelle sijoittuvia tapahtumia.
Kojiman mielestä tärkeintä on kuitenkin luoda jotain hauskaa, jotain vaikuttavaa ja jotain joka on entistä parempaa. Jatkuvuus täytyy joskus uhrata tämän nimissä, ja Kojima toivoo fanien ymmärtävän tämän.
The Phantom Painin julkaisupäivää ei ole julkistettu, mutta aavistus on, että se ilmestyy ensi vuoden alussa.