Bethesda on julkaissut Fallout 3:een pelinmuokkaus- eli mod-työkalun. Garden of Eden Creation Kit tai GECK antaa pelaajille vapaat kädet muokata Fallout 3 -pelimaailmaa mielensä mukaan. GECK-työkalun avulla harrastajat voivat tehdä peliin omia seikkailujaan. Työkalun voi ladata täältä.