Sega on julkistanut lisää tietoa Alpha Protocolin käyttämästä Unilock-kopiosuojauksesta. Yhtiön mukaan agenttiroolipelin PC-versio pitää aktivoida netissä, mutta sen jälkeen nettiyhteyttä tai edes pelilevyä ei tarvita.
Vaikka nettiyhteys vaaditaan kerta-aktivointiin, on Alpha Protocolin käyttämä DRM-ratkaisu kevyempi kuin esimerkiksi Ubisoftin suojaus, joka vaatii jatkuvaa nettiyhteyttä pelien pelaamiseen.
Alpha Protocolin aktivointi voidaan tehdä enimmillään viiteen tietokoneeseen samanaikaisesti. Mikäli pelin asentaa uudelleen tai tietokone menee rikki, aktivoinnin voi vapauttaa netissä kyseisen koneen osalta toisen tietokoneen käyttöön.
Sama suojaus koskee myös Steam-versiota. Ladattavassa versiossa ei ole ylimääräistä kopiosuojausta.
Lisäksi Sega aikoo poistaa pelin kopiosuojauksen 18-24 kuukauden kuluttua julkaisusta.