Nintendo 3DS:lle on saatavilla uusi järjestelmäpäivitys, joka paikkaa E3-messujen aikaan julkaistun eShop-päivityksen sisältämiä pieniä ongelmia. Päivitys on versioltaan 2.1.0-3E, ja se tekee yleisiä järjestelmän vakauden parannuksia ja korjaa viime päivityksessä ilmaantuneen Ridge Racer 3D:n jäätymisongelman. Lisäksi konsoliin on lisätty mahdollisuus saada automaattisia päivityksiä, kun langaton internetyhteys on saatavilla. Näistä päivityksistä konsoli ilmoittaa Home-ruutuun hyppäävällä viestillä. Mikäli eShop-päivitystä ei ole vielä asennettu, lisää uusi päivitys konsoliin myös eShop-verkkokaupan, nettiselaimen ja toiminnon DSiWare-pelien siirtämiseen DSi:ltä 3DS:lle.