Joystiq kertoo häiritsevän The Binding of Isaacin kanssaluojan kertoneen, että keskustelut pelin 3DS-versiosta ovat jo käynnissä. Edmund McMillenin mukaan hänen tuntemansa julkaisija on kysymässä tällä hetkellä Nintendon mielipidettä asiaan. Jos Nintendo suostuu, suostuu myös McMillen. Hän lisäsi myös, että 3DS on "ainoa toinen alusta jolla Isaac saatetaan nähdä".
Kuten pelin tuntevat tietävät, ei The Binding of Isaac ole sisältönsä puolesta aivan Nintendon kohdeyleisölle tyypillistä materiaalia, mutta kukapa tietää miten tässä käy.