Pelin ideana on edelleen komentaa tällä kertaa haaksirikkoisia Pataponeja kohti Maan Äärtä. Komentaminen tapahtuu rummuttamalla käskyjä PSP:n nappuloilla oikeassa tahdissa. Esimerkiksi taistelukäsky rummutetaan kahden ympyrän, yhden neliön ja yhden ympyrän yhdistelmällä. Käskyjen ketjuttaminen laukaisee ja pitää yllä Huumatilaa, jossa porukka taistelee tavallista tehokkaammin. Pelin edetessä kahden peruskäskyn lisäksi saa enemmän valikoimaa, Pataponien määrä sekä monipuolisuus lisääntyvät ja varusteet paranevat. Vastassa on niin vanhoja kuin uusiakin heimoja sekä kaikenkokoisia otuksia. Uutukaisuuksien kanssa taktiikkoja ja kokoonpanoja joutuu (tai pääsee) miettimään uusiksi.
Kolmen uuden joukkotyypin ovat lentävä Toripon, mörssärimäinen Robopon ja taikavoimia omaava Mahopon. Pelaaja saa armeijaansa myös sankariyksikön. Sankarin "hahmoluokkaa" voi vaihtaa vapaasti, ja se yhdessä varusteiden kanssa määrää, millaisen erikoiskyvyn sankari voi laukaista pelaajan naputtaessa käskyn täsmälleen oikeassa rytmissä. Esimerkiksi keihässankari heittää voimakkaan aluevahinkoa tekevän keihään vihollisten sekaan.
Huumamoodi on nyt helpompi pitää käynnissä, sillä peli sallii nyt yhden epäonnistumisen käskyketjussa. Koska sen ylläpitäminen vaikeimmissa kentissä on elinehto, uudistus vähentää samojen kenttien hieromista kyllästymiseen asti. Muutosten joukkoon kuuluu myös tapa, jolla oman armeijan yksittäisiä Pataponeja kehitetään tehokkaammiksi taistelijoiksi. Joukkoja parannellaan puumaisen kaavion avulla, jossa avataan voimakkaampia tai erikoistuneita Patapon -tyyppejä käytettävissä olevien resurssien puitteissa. Yksittäisen taistelijan tyypin voi myös vaihtaa mihin tahansa jo avattuun. Muutos tuo mukavasti selkeyttä omien pikku soturiensa kehittämiseen. Uutta on myös moninpeli maksimissaan neljän ihmispelaajan muodostamassa ryhmässä, jonka sotasaalis siirtyy yksinpeliä auttamaan. Sankaripartiota voi komentaa myös yksinpelissä kolmen tietokoneavusteisen sankarin kanssa.
Viimeisenä merkittävänä parannuksena pelistä löytyy viimeinkin kolme vaikeustasoa. Helpoin auttaa ensikertalaisia ja rytmin kanssa tuskailevia, keskimmäinen on alkuperäisen Pataponin luokkaa. Patapon 2 tekee juuri sen mitä hyvän jatko-osan pitääkin. Pelin tekijät ovat tunnistaneet ja korjanneet alkuperäisen puutteita sekä tuoneet samalla läjän uusia ominaisuuksia peli-iloa pidentämään. Pata-Pata-Pata-Ponit kaikuvat tässä kämpässä vielä pitkään.