Sega julkaisee maaliskuussa 2012 itsenäisen lisäosan Total War: Shogun 2:een. Ilman emopeliä toimiva Total War: Shogun 2 - Fall of the Samurai sijoittuu feodaalisen ja modernin Japanin taitteeseen, jossa amerikkalaisten, englantilaisten ja ranskalaisten vaikutteet syöksevät maan sisällissotaan.
Täysin uusi kampanja alkaa vuodesta 1864. Pelaaja pääsee ohjastamaan joko viimeisiä shogun-klaaneja tai keisarillisia joukkoja. Yhteensä pelattavia joukkoja on kuusi erilaista, kolme molemmin puolin, ja pelaajan suhteet ulkovaltoihin näyttelevät omaa rooliaan sodassa. Myös pelikarttaa on laajennettu pohjoiseen uuden Ezon saaren muodossa.
Uusia yksiköitä luvataan kymmenittäin, ja ensimmäistä kertaa sarjassa pelaajat pääsevät muun muassa kehittämään rautatieverkostoa. Lisäksi lisäosassa on uusia toimintoja ja pelimuotoja, kuten mereltä maalle tapahtuva satamanvaltaus.