Halo Wars osoittautui yhdeksi tämän sukupolven parhaimmista konsolistrategioista, mutta kulisseissa koettiin kitkaa kehittäjä Ensemble Studiosin, Halon luoneen Bungien ja julkaisija Microsoftin välillä.
Ensemblen perustaja Tony Goodman väittää Games Industryn haastattelussa, ettei Bungie pitänyt siitä, että Microsoft antoi sarjan toisen studion käsittelyyn. Goodmanin mukaan Bungie nälvi projektia Halon lypsämiseksi, mikä hankaloitti studioiden välistä työskentelyä.
Ensemblelle Halo Wars ei alkujaan edes ollut Halo-peli. Microsoft päätti kuitenkin olla ottamatta riskiä tuntemattoman konsolistrategian kanssa ja taivutteli Ensemblen muuntamaan pelinsä Halo-aiheiseksi.
Muutokset viivästyttivät peliä yli vuodella. Lopulta Microsoft sulki Ensemble Studiosin, kun Halo Wars oli valmis. Bungie jätti Halo-sarjan vuoden 2010 Halo: Reachin jälkeen.