Retro Studios on tehnyt yksinoikeudella Nintendolle töitä jo useamman vuosikymmenen. Tällä hetkellä viimeistely on käynnissä pelille Metroid Prime 4: Beyond, ja kehitysprosessi vaikuttaa olleen melkoisen vaikea.
Entisen Retro Studiosin työntekijän mukaan suhde Nintendoon ei ole ollut aiemminkaan terveellä pohjalla. Entinen "World Artist" Nate Purkypile kertoi Kiwi Talkz -podcastissa, että Retro Studiosin ja Nintendon suhde oli epäterve jo Metroid Prime 3: Corruptionin aikaan. Peli julkaistiin lokakuussa 2007. Nintendon niin sanottu mikromanagerointi oli kuulemma aivan omaa luokkaansa.
"I have never liked working with publishers or anything, but this was a whole other level of micromanagement. Like, no way! In my opinion, if you're not directly working on the game, go away. You can give feedback and guidance, but I don't think you should be telling the devs what to do. You don't have all the proper context or framing to actually be giving these critiques and I think it's completely not how things should be made. Not to say that Metroid didn't turn out great, but it didn't turn out great because some shoulder pad was shifted slightly. I think that's kind of an unhealthy relationship."