Toimintaseikkailu Mafia III:n alkuperäinen aloitus oli jotain muuta kuin mitä lopullisessa pelissä nähtiin. Mafia III:n ohjaaja Haden Blackman ja tuottaja Andrew Wilson kertoivat Brighton Develop Conferencessa, että aloitus leikattiin ja korvattiin toisella, koska sitä pidettiin kohtuuttoman mässäilevänä.
Kaksikon mukaan alkuperäinen aloitus oli kylmäverinen ja päättyi poliisin surmaan päähahmo Lincoln Clayn toimesta. Kohtauksen tarkoituksena oli selittää, miksi Clay lähti Vietnamin sotaan, mutta se ei lopulta toiminut halutulla tavalla - ei varsinkaan, jos se olisi irrotettu pelin kontekstista esimerkiksi Youtube-videoissa.
Lopullinen peli avautuu dokumentaarisemmassa hengessä. Mafia III sijoittuu vuoden 1968 New Orleansiin, jossa rasismi ja rotuerottelun aate jylläävät kansalaisoikeuslain julistuksesta huolimatta. Clay on tummaihoinen Vietnamin veteraani, joka joutuu murhayrityksen kohteeksi ja päätyy perustamaan oman rikollisjärjestön vanhan vallan kukistaakseen.
Andrew Wilson sanoo, että alkuperäinen aloituskohtaus on hävitetty bittiavaruuteen. Sitä ei ole enää olemassa, jottei se koskaan näkisi päivänvaloa.