Klei Entertainment on ilmoittanut, että Mark of the Ninjaan ilmestyy tänä kesänä Special Edition -lisäri.
Kyseinen lisäri tuo mukanaan uuden, varsinaisen pelin tarinaa pohjustavan kentän, jossa seurataan tatuoija Dosanin varhaisempaa elämää. Mukana tulee myös uusi pelityyli joka mahdollistaa ei-tappavien otteiden käyttämisen.
Esinepuolelle lisäystä saadaan kahden esineen verran, joista yksi parantaa hiippailu- ja piiloutumismeininkejä, ja toinen on "hieman suorasukaisempi".
Pelityyli ja esineet tulevat saataville myös peruspelin puolelle. Mukana on myös kehittäjän kommentaari, joka lisää kenttiin pisteitä, joissa kuullaan taustoja pelin kehittelystä.