Mercerissä piilee virus, joka sallii hänen muokkaavan kehonsa rakennetta geneettisellä tasolla silmänräpäyksessä. Käytännössä tämä tarkoittaa sitä, että Mercer voi vaikkapa kasvattaa itselleen kynnet, luoda lisää lihasmassaa sekä iskeä kätensä maan läpi ja sieltä ylös 40 neliömetrin repivänä piikkimerenä. Ja se on vasta alkua. Mercerin lukuisat ja sangen mielikuvitukselliset kyvyt ovat brutaaleja ja harvinaisen onnistuneesti täydellisen epäinhimillisiä.
Mercerillä on myös pahemmanlaatuinen amnesia, eikä siis mitään muistikuvaa mitä oikeastaan on tapahtunut. Koska Mercer ei itse muista mitään, johtolangat on etsittävä muiden mielistä, ja näin Mercer oppii syömään toisten ihmisten muistot. Tai oikeastaan koko ihmisen: Mercer sulauttaa kohteen koko biomassan itseensä ja näkee siinä ohessa vilauksen Merceriä koskevasta salaliitosta ja tapahtumien kulusta. Sulauttamisen jälkeen Mercer voi vaihtaa ulkonäköään juuri niellyn kohteen näköiseksi. Tällä nahanvaihtotempulla voi välttää takaa-ajajat, mutta myös soluttautua armeijan tukikohtiin johtolankoja etsimään.
Ikävä kyllä, etsiessään vastauksia Mercer vapauttaa naisen, joka on mutageeniviruksen lähde, ja vajaassa tunnissa tauti leviää kuin kulovalkea. New York muuttuu sotatantereeksi, jossa tartunnan saaneet mutantit ottavat yhteen tilannetta hillitsevien ja varsin kovaotteisten palkkasoturien kanssa. Keskellä on Mercer, joka ei juuri valikoi ketä lyö.
Prototypen perusidea on siis mitä mainioin, ja hiekkalaatikoksi avattu New York antaa mahdollisuudet todella tyylikkäille stunteille, tempuille ja taisteluille. Kaaokseen suistunut kaupunki pursuaa tutkittavaa, pelattavaa ja erilaisia minitehtäviä täydellisyydentavoittelijoille. Sääli vain, että se pelattavuus onkin sitten ihan perseellään.
Mercerin ohjaaminen osoittautui todella hankalaksi. Niin loikat, liidot kuin syöksähdyksetkin tuntuvat toimivan satunnaisella tehokkuudella, tai sitten joko-tai -vaihteella. Pelaaja ei voi hyppyä aloittaessaan tietää tulkitseeko peli loikan pikku pompuksi kohteena olevan tankin katolle vaiko haluna loikata 50 metriä eteenpäin. Ilmassa voi syöksähtää, mutta se on aina saman mittainen pyrähdys, ja aina vain vaakatasossa. Sillä ei siis korjausliikkeitä tehdä, puhumattakaan siitä, että Mercer saattaa tulkita halutun suunnan omalla, varmaankin taudin sumentamalla logiikallaan.
Tämän kanssa vielä oppisi elämään, mikäli kamera ei olisi käynyt japanilaisten kauhu- ja toimintapelien kuvaustyylin opistoa. Toisin sanoen, se pörrää kuin väkkärä ja yrittää löytää sen kuvakulman, mistä pelaaja saa tilanteesta mahdollisimman vähän selville. Malliesimerkki on tilanne, jossa Mercer juoksee pystysuoraa seinää ylös. Kun seinä loppuu, Mercer tekee loikan. Kamera kulkee volttia heittävän Mercerin alta, pyörähtää pari kertaa ja sekoittaa pelaajan suuntavaiston ihan täysin. Tämä on ookoo niin kauan, kun ei halua esimerkiksi tietää mihin päin pitää edetä, tai perässä ei kirmaa vaikkapa täysin hypoteettisesti kahdeksaa supermutanttia, jotka repivät panssarivaunuja aamupalaksi. Täysin mahdottomaksi liikehdintä menee niissä minitehtävissä, jotka vaativat tarkkuutta ja nopeutta.
Pelimekaniikka on siis melkoinen susi, eikä muukaan toteutus onnistu pistämään paremmaksi. Koko pelin grafiikat ovat yksinkertaisia ja tasaisia pintoja - autot näyttävät kaksivärisiltä muovinpaloilta, ja rakennukset ovat samanlaisia korttelista toiseen. Kadulla vastaan käveleviä siviilejä on ehkä kymmenen erilaista, jolloin väkijoukkoon pudottautuva Mercer saattaa hyvinkin huomata tuijottavansa neljän identtisen kaksosen ilmeettömiä kasvoja. Räjähdykset ja savuefektit eivät vakuuta, ja etenkin siviilien animointi on robottimaisen kömpelöä, aivan kuin jonkun surkeaa discotanssia katsoisi. Äänimaailma onnistuu efekteillään vähän tuomaan munakkuutta kehiin, mutta dialogit ja musiikit ovat niitä vähemmän hehkeitä tuttavuuksia.
Pelimekaniikassa on muitakin todella kummia vikoja. Mercer voi varastaa tankin ja ryllistää pitkin Broadwayta aseet laulaen, eikä tapahtumia vierestä seuraava armeija välitä verilöylystä pätkääkään. Vaan auta armias, jos pelaaja piipahtaa hytin ulkopuolella sekunninkaan ajan? Heti on koko kaupunki hälytystilassa ja iskujoukot matkalla paikalle. Tästäkin tosin selviää menemällä kulman taa: jos sotapoika ei näe Merceriä, hälytystaso laskee miltei välittömästi. Sotilaat eivät myöskään välitä Merceristä, jos tämä käyttää valepukua - ihan sama kuinka räiskyvästi niitä mutanttikykyjään käyttää, sillä kunhan Mercer ei näytä Merceriltä, kaikki on hyvin.
On kuitenkin väärin sanoa, että Prototype oltaisiin pilattu täydellisesti, sillä pelistä löytyy valtavasti potentiaalia kaikkeen siistiin. Pelattavuus on kömpelöä, mutta jos ei välitä sivutehtävistä tai siviiliuhreista, eipä se paljoa paina. Prototypeä vaivaakin oikeastaan uskottavuuden puute. Koska siviilit ovat rumia ja maailma palikkamaisen epätodellinen ei pelaaja koe olevansa osa tapahtumia, saati sitten välittävänsä miten Mercerin käy. Pelistä ei tule kiehtova tarina vaan leikkikenttä tylsiä hetkiä täyttämään, jossa ajellaan tankilla räjäyttämässä autoja ja repimässä sivullisia silpuksi. Sellaisen viihteen viehätys on tunnetusti lyhytikäistä.