Viime vuoden E3-messuilla esitelty Wii U:n ohjain on kokenut pieniä muutoksia vuoden varrella. Konseptiohjaimen matalat analogiohjaimet on korvattu lopullisessa Wii U Gamepadissä tateilla, jotka nousevat selvemmin irti ohjaimen pinnasta. Tatteja voi klikata lisätoimintojen aktivoimiseksi peleissä, ja myös näppäinasettelua on muutettu niin, että ne asettuvat paremmin peukaloiden alle.
Ohjaimen kääntöpuolta on puolestaan lihavoitettu reunoilta, jotta kädet asettuisivat mukavammin ohjaimen ympärille.
Ohjaimen keskustaa dominoi edelleen suurikokoinen kosketusnäyttö, mutta sen kylkeen on tullut NFC-vastaanotin, jota voidaan käyttää mm. erilaisten figuurien siirtämiseksi peleihin. Kosketusnäytöllä voi kirjoittaa, piirtää ja käyttää pelien eri toimintoja. Se toimii lisäksi toisena kuvaruutuna tai voi ottaa kuvan kokonaan itselleen vapauttaen TV:n muuhun käyttöön.
Wii U Gamepad on konsolin oletusohjain, mutta sille julkaistaan myös perinteisempi Pro Controller, joka on pienempi, kevyempi eikä sisällä näyttöä.